Das Monitoring ist ein gemeinsam von Bund und Ländern durchgeführtes Untersuchungsprogramm, das die amtliche Lebensmittelüberwachung der Bundesländer ergänzt. Es handelt sich um ein System wiederholter repräsentativer Messungen und Bewertungen von Gehalten an unerwünschten Stoffen wie Rückstände von Pflanzenschutz-, Schädlingsbekämpfungs- und Tierarzneimitteln sowie Schwermetallen und anderen Kontaminanten in und auf Lebensmitteln. Dadurch können mögliche gesundheitliche Risiken für die Verbraucher frühzeitig erkannt und durch gezielte Massnahmen abgestellt werden. Seit 2003 gliedert sich das Monitoring in zwei eigenständige, sich ergänzende Untersuchungsprogramme: Untersuchung von Lebensmitteln des aus dem Ernährungsverhalten der Bevölkerung entwickelten Warenkorbes, um die Rückstands- und Kontanimationssituation unter repräsentativen Beprobungsbedingungen weiter verfolgen zu können (Warenkorb-Monitoring), und Untersuchungen zu speziellen aktuellen Fragestellungen in Form von Projekten (Projekt-Monitoring). Im Warenkorb- und im Projekt-Monitoring wurden im Jahr 2009 insgesamt 4947 Lebensmittelproben in- und ausländischer Herkunft untersucht.
